Почетак рада на превентивној здравственој заштити становништва Сремско-митровачког среза, (садашњег Сремског округа) се везује за рад Хигијенске станице, основане од стране среза Сремска Митровица. Хигијенска станица је основана 1955.године и била је смештена у помоћној, дворишној згради.

Друга локација садашњег Завода за заштиту здравља је била у дрвеној монтажној згради. Услови за рад су били изразито неповољни без текуће воде, канализације и централног грејања.

Одлуком Министарства за здравље 1958.године Хигијенска станица постаје Хигијенски завод. Завод је био основан за подручје Сремско-митровачког среза, са садашњих шест општина које припадају Сремском округу. Додатно је покривао и општину Беочин.

У то време на покрајинском нивоу је донета одлука да се у Сремској Митровици за потребе среза сагради наменска зграда Хигијенског завода.

Хигијенски завод је имао службу опште хигијене у чијем су саставу биле лабораторија за бактериолошку, серолошку и паразитолошку микробиологију и лабораторија санитарне хемије, одељење за епидемиологију, здравствену статистику и ДДД службу која је обављала стручне послове на подручју Сремско-митровачког среза. У заводу је постојала антитрахомна екипа, као истурено одељење Покрајинског завода за заштиту здравља. Служба је радила до ерадикације трахома у Војводини. У сарадњи са ВМА Београд, Завод је радио и на сузбијању ендемског нефритиса. Лаборант Завода је имао портабл малу лабораторијску опрему са микроскопом, и на терену обрађивао узорке урина.

Лаборанти Завода који су истовремено радили и у микробиолошкој и у хемијској лабораторији ишли су на едукацију у здравствене институције вишег нивоа.

Обављани су санитарни прегледи, кроз преглед столица на паразите и преглед крви на сифилис.

У служби за епидемиологију поред редовних епидемиолошких испитивања и анкетирања, вођени су протоколи позитивних на луес за подручје читавог Среза. Такође је вођена евиденција клицоноша на трбушни тифус у ендемском подручју и протокол оболелих од ендемског нефритиса.

Теренски посао је био стална обавеза стручних екипа Завода. У оквиру службе за хигијену редовна делатност је била и копање артерских бунара по насељеним местима, у извођењу сталне екипе Хигијенског завода Сталну екипу за копање бунара и контролу воде, поред лекара и лаборанта, чинио је и стручњак за технички део посла. Ова делатност је обављана од 1958.до 1962.године, пошто до тада у целом Срему није било централних водовода.У лабораторијама Завода вршена је редовна контрола хигијенске исправности воде из бунара. У оквиру ванредне контроле, услед повећане смртности одојчади, праћен је садржај нитрата у копаним бунарима.

Редовна контрола је подразумевала и микробиолошку и хемијску анализу исправности намирница.

У санитарној хемији вршене су анализе биолошке вредности хране у оброцима дечијих обданишта и ресторанима друштвене исхране, на територији Срема. На основу добијених резултата давана је сугестија како да се сузбије дефицит у исхрани.

У одељењу здравствене статистике се вршила обрада података на виталну статистику и пријава заразних болести са акцентом на венеричне болести.

Године 1960/1961, Завод је пресељен у новоизграђену наменску зграду у којој се и данас налази. Хигијенски завод је 1963. године припојен новосаграђеном Медицинском центру. У саставу Медицинског центра је био до 1992.године, када су према законским актима сви Заводи постали самосталне радне организације, са називом Завод за заштиту здравља.

Данас стручне службе Завода обављају делатности предвиђене Законом о здравственој заштити, сагласно кадровском потенцијалу, опреми и простору којим располажу. Намера Завода је да у циљу праћења нових достигнућа:

• настави опремање најсавременијом аналитичком опремом,
• набави довољан број рачунара са одговарајућим софтвером, који ће бити међусобно повезани.
• врши усавршавање запослених, као и осавремењавање знања стручних и осталих кадрова, у циљу одржавања високог нивоа квалитета рада и стручне оспособљености, континуирано кроз:
  •  едукацију свих профила запослених, специјализације, обављање приправничког стажа и интерне обуке.
  •  учешће стручних кадрова на конгресима, семинарима, научним и стручним скуповима из области система квалитета.